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高通量单细胞3'转录组试剂盒
2022年AACR年度会议中,Michelle Monje等人关于CAR-T治疗H3K27M突变的弥漫性桥脑胶质瘤(Diffuse intrinsic pontine glioma,DIPG)和弥漫性中线胶质瘤(Diffuse midline gliomas,DMG)的研究获得了广泛的关注,而单细胞测序技术也在此项研究中发挥了重要作用。该论文于2022年2月7日在线发表于国际学术期刊《自然》。
CAR-T细胞治疗技术是目前广受关注的癌症前沿疗法,其原理为:人为给正常T细胞加入特定癌细胞表面抗原的受体,使T细胞能特异的和癌细胞结合,从而通过细胞杀伤作用来杀伤癌细胞。
CAR-T细胞治疗技术一经问世,首先在血液系统恶性肿瘤的治疗中发挥了极大的优势,截至到2022年3月末,已有6款CAR-T 产品中获 FDA 批准上市,NMPA也已批准2款CAR-T产品上市。目前针对实体瘤的CAR-T治疗也在快速开发中。
图片来源于网络
H3K27M型DIPG/DMG是一种极具侵袭性的单发致命肿瘤,几乎没有治疗选择,平均预期寿命为诊断后10个月,5年生存率不到1%。
Michelle Monje团队在此前的研究中发现,双唾液神经节苷脂 (Disialogangliosid,GD2)在H3K27M突变的弥漫性中线胶质瘤细胞上高度表达,因此他们选定GD2作为DIPG/DMG潜在的CAR-T细胞治疗靶点,并在小鼠中进行了初步的探索。
在本研究中,研究人员先通过静脉注射1×10^6 Cells/Kg剂量GD2-CAR T 细胞的形式对多位DIPG/DMG患者进行了筛选,最终选定4名H3K27M突变型DIPG/DMG患者接受GD2-CAR T输注(3名DIPG患者,1名脊髓DMG患者 ),在脑室内给药。
a.MRI结果显示DIPG 3号患者肿瘤明显减小
b.DIPG 3号患者表现出明显的生理缓解
临床结果显示,4名患者中有3名在静脉注射GD2-CAR T细胞后获得了影像学和临床获益(一名脊髓DMG患者在CAR T细胞制备过程中出现了快速的肿瘤进展,因而从研究中移除),患者诊断后寿命明显延长,且患者在神经功能方面出现了明显的恢复现象。但是,GD2-CAR T细胞进入人体后经过了怎样的历程?GD2-CAR T细胞又与癌细胞、免疫细胞发生了怎样的相互作用? 这些还需要更精细的研究方法来解答。
为了更加深入地理解GD2-CAR T细胞输注后的起效机制,研究人员利用单细胞测序技术进行了进一步的分析研究。研究者取了4位患者不同治疗阶段的脑脊液(cerebrospinal fluid,CSF)样本,以及CAR T细胞制品中分离得到的CAR阳性、阴性T细胞,进行了单细胞RNA测序分析。实验完成25598个来自CSF,40000个来自CAR T细胞制品,共65598个细胞的RNA测序。
基于单细胞RNA测序分析后得到的CSF样本细胞图谱
基于RNA测序数据的CSF样本细胞图谱结果显示,CSF样本中除了淋巴细胞、髓样细胞、罕见星形胶质细胞和B细胞,还有一群双重谱系细胞(右上图,红色框框出),暗示患者体内可能存在髓样细胞吞噬T细胞的可能性。
单细胞转录组分析不同的骨髓细胞亚群
研究者针对给药后的CSF样本中髓系细胞,进一步进行了更细致的细胞图谱分析。结果发现,髓系细胞可分为7种不同的细胞群,包括表达各种功能特征的单核细胞、小胶质细胞和巨噬细胞,以及增殖的骨髓细胞。
不同治疗时间段CSF样本中髓系细胞比例
分析结果显示,在脑内室给药后的炎症峰值时间点上,出现了以干扰素应答为特征的髓系细胞,该细胞群显示出明显的免疫激活特征。相比之下,静脉注射和给药点晚期,脑脊液髓样细胞亚群表达了显著的吞噬作用和脂质代谢基因程序,这些细胞表现出强烈的免疫抑制特征。以上这些结果都为GD2-CAR T细胞治疗 H3K27M+ 突变型DIPG/DMG 的有效性提供了进一步的证据。
综上, 单细胞测序技术进一步从细胞层面和基因表达层面探究了GD2-CAR T 治疗H3K27M+ DIPG/DMG的过程,观察到了不同治疗阶段、不同给药途径、不同患者的异质性,对于理解GD2-CAR T发挥作用的机理和后续临床研究都有指导意义。
当前利用CAR-T技术用于治疗胃癌、胰腺癌,结直肠癌,黑色素瘤、肝癌的各项研究正在如火如荼中进行。单细胞测序技术可用于探究输注前后CAR-T细胞的增殖与克隆情况,输注前后不同阶段机体各细胞基因表达的变化,输注前后机体各细胞类型与克隆、增殖和疗效间的关系,体内CAR-T细胞实际作用情况与机制等各细胞治疗环节。相信未来,单细胞测序技术必将在CAR-T等细胞治疗技术中发挥更多的作用。
1 Majzner, R. G. et al. GD2-CAR T cell therapy for H3K27M-mutated diffuse midline gliomas. Nature. 603, 934–941 (2022).2 Mount, C. W. et al. Potent antitumor efficacy of anti-GD2 CAR Tcells in H3-K27M+ diffuse midline gliomas. Nat. Med. 24, 572–579 (2018).3 Cooney, T. et al. Contemporary survival endpoints: an International Diffuse Intrinsic Pontine Glioma Registry study. Neuro-Oncol. 19, 1279–1280 (2017).