V(D)J分析的主要目的是从原始测序数据中提取B细胞或T细胞的V(D)J基因序列与克隆型。这个过程通常可以适应不同的测序平台和数据格式。因此，V(D)J分析流程支持多个测序平台的FASTQ文件。

例如，在数据分析层面，V(D)J分析软件IgBlast可以处理来自多个测序平台的FASTQ文件，包括Illumina、华大和Ion Torrent。当然，MobiVision分析软件也可以处理来自不同测序平台的FASTQ文件。然而，由于每种测序平台的读长和质量特征都不同，因此在进行V(D)J分析时可能需要考虑这些因素的影响。