当然不可以，单细胞转录组和单细胞V(D)J的参考基因组在很大程度上是不同的，虽然它们都针对同一个物种。然而，在分析和处理数据时，它们的关注点和应用场景有所不同，单细胞免疫组库主要关注免疫受体的V(D)J重组和克隆型，以了解免疫细胞的多样性、克隆扩张和免疫应答。因此，在构建针对单细胞免疫组库的参考基因组时，需要特别关注免疫受体相关基因，如V、D、J基因的注释和数据库。单细胞转录组研究则关注整个基因组范围内的基因表达，以揭示不同细胞类型和状态的转录特征。因此，在构建单细胞转录组的参考基因组时，需要考虑全基因组范围内的基因注释和数据库。