对于特别不常见的物种，构建一个参考基因组序列文件可能是一个具有挑战性的任务，因为缺乏可用的参考基因组或基因组注释数据。以下是一些可能有用的方法：

1. 基于已知的近缘物种: 可以基于已知的近缘物种的基因组序列，利用基因组序列比对和组装技术来构建目标物种的参考基因组序列。这种方法需要有足够相似的基因组序列和足够的比对深度。
2. RNA-Seq数据拼接: 如果目标物种的RNA-Seq数据可用，可以利用RNA-Seq reads拼接出转录组序列，再利用转录组序列和相关的比对工具如BLAST和STAR等进行基因组组装和注释。这种方法适用于不需要完整的基因组序列的情况下。
3. 亚基因组注释: 如果没有可用的基因组数据，可以考虑使用亚基因组注释的方法。即先利用相关的比对工具如BLAST和HMMER等将已知物种的基因组注释信息映射到目标物种的基因组上，并据此推断目标物种的基因组组成和结构。
4. 三代测序辅助装配: 可以考虑使用更快速和更精确的三代测序辅助装配技术，如Oxford Nanopore和PacBio SMRT等单分子测序技术。这些技术可以产生长读长的测序数据，有助于更好的基因组组装和注释。

但是，对于已经收集到基因组fa文件与基因组注释文件gtf或gff的物种，可以直接使用mk_vdj_ref进行构建，具体构建方法请见（提供相应页面的软链）。