V(D)J分析流程通常可以支持单端的reads，包括只有一端reads包含有V(D)J基因信息的情况。不过，这取决于所使用的V(D)J分析软件和具体的实验设计。

对于单端的reads，V(D)J分析软件通常会对reads进行一些额外的预处理和过滤，以提高V(D)J重排和克隆型识别的准确性。MobiVision可以处理单端或双端的FASTQ文件，指定V(D)J基因在reads的哪个位置上，并且可以识别测序的reads来自哪些Barcodes，并确定V(D)J基因的重链与轻链，从而进行有效的V(D)J分析。

需要注意的是，对于只包含V(D)J基因信息的单端reads，由于缺少一些其他的序列信息如UMI，可能会影响单细胞V(D)J分析的准确性和可靠性。因此，在进行实验设计时，应该尽量选择适当的测序方案，以保证能够获取充分的序列信息来支持VDJ分析。